1969年6月至1971年1月，郑维山出任北京军区司令员。

“文革”初期，时任副司令员的郑维山遵照周恩来和叶剑英的指示，在极其复杂困难的情况下，带领部队对北京和华北地区的多起突发事件进行处置，制止武斗，收缴武器，为保护人民生命财产，为首都安全做出了贡献。1969年他奉党中央、国务院、中央军委命令，带北京军区前指和部队赴内蒙古地区，保证了稳定北疆，增进民族团结，保障人民群众的生活，毛泽东、周恩来给予了充分肯定。

“文革”动乱中，北京军区地位举足轻重，郑维山在逆境中主持工作，他忍辱负重，尽职尽责，苦撑局面。1970年庐山会议后，北京军区党委第十二次扩大会议开了50多天，郑维山在会上据理力争，险些病倒。最后毛泽东和周恩来出面，才勉强收场。

1970年12月16日，毛泽东在三十八军党委上送的《关于检举揭发陈伯达反党集团的报告》上批示，建议北京军区党委开会讨论一次，各师要有人到会，时间要多一些，讨论为何听任陈伯达乱跑乱说，他在北京军区没有职务，中央也没有委托他解决北京军区所属的军政问题，是何原因陈伯达成了北京军区及华北地区的太上皇？……

从此，郑维山的厄运来了。

1971年1月9日，北京军区召开党委扩大会，后来军委座谈会也并入，这就是华北会议。主要是揭批陈伯达，并严厉批判李雪峰、郑维山。会议分小会（北京军区、北京、天津、河北省负责人）、中会（省、市、军以上干部）、大会（全体人员）三种形式。由李德生、纪登奎主持，黄永胜、李作鹏到会，却不讲话。

陈先瑞回忆，毛主席说江青在华北会议上“反林有功”，江青也自认为立了大功，时常出现在会议上，并多次讲话。“杨余傅”事件就是“华北山头”，同志们想想，他们就在主席身边搞“山头”，这多么危险！现在查清楚了，这个“华北山头”不仅大得很呀，还有历史性和隐蔽性呢，军队的同志不能掉以轻心。聂荣臻、罗瑞卿，还有杨成武、郑维山、傅崇碧，他们都出在华北。华北是“坏人”当道。不知道为什么江青对北京军区的仇恨这么大，对北京军区的一些人和事记得那么多，她在一次会上一口气点了北京军区十几个人的名，而且每个人的名前都冠以“王八蛋”。在“文革”那个特定的时期，被“伟大旗手”江青点名，等于在政治上被判了死刑。

江青还说，“华北山头主义”顽固得很呀，这个陈伯达就是“华北山头主义”的政治头头，是太上老子。陈伯达为什么敢反党反毛主席，就是因为他有“华北山头”作后盾。他有个武将叫郑维山嘛，郑维山和陈伯达搞在一起反对林副主席，看来，北京军区不改组不行了。

这回没有人敢保郑维山了，他先靠边站，接受批判，最终失去了自由。

1971年九一三事件后，郑维山以为有出头之日了，没想到江青却把“华北山头”的标签从陈伯达身上贴到林彪身上，说北京军区是林彪经营多年的“山头主义窝子”。郑维山“摇身一变”，从反林彪又成了林彪的一员大将，伙同林彪反党。被押往安徽山区一个农场监督劳改。

“四人帮”被打倒已经两年有余了，被关押八年的郑维山仍是囚徒。

郑维山的子女给军委副主席聂荣臻写信，要求早日对父亲的问题做出结论。聂荣臻批示：请总政干部部阅处。

郑维山子女的信和聂帅的批示，转到总政。

1978年11月16日，总政落实政策办公室给主任韦国清写了一个报告。

因为郑维山曾是北京军区司令员，建议北京军区做出审查结论。

12月12日，北京军区请示总政，郑维山已调离原职，其行政和组织关系均已交总政管理。鉴于此种情况，我们建议由总政负责做审查结论。

12月29日，胡耀邦召集公安部、总政和北京卫戍区有关人员交代处理阎仲川等人的问题时，提到原北京军区司令员郑维山。

1979年2月1日，总政落实政策办公室根据胡耀邦的这个指示精神提出，郑维山的结论，拟由总政会同北京军区，对他的错误事实重新核实，提出意见，上报中央，请中央军委审批。对郑维山先结束“劳动”，由总政派人接回北京，住在招待所，等待结论。总政主任韦国清批示：遵照聂（荣臻）副主席对郑维山同志给中央、中央军委的信的批示办，同意解除劳动，调回北京，等待结论。

徐向前也打电话过问此事。

很快总政落实政策办公室派人将郑维山和家属接到北京，并解决过党的生活、看文件以及派警卫员、坐车等问题。

总政落实政策办公室的徐厚田处长起草了为郑维山平反的第一稿。因为当时手头没有材料，基本上是按着郑维山的检讨写的，写了郑维山被隔离审查的情况，聂荣臻等领导同志的批示。郑维山的主要错误，一、在九届二中全会上，两次表态同意设国家主席；二、在八届十二中全会上，在关于抓杨勇同志的问题上与老帅当面对质，是错误的；三、在五台山给林彪修纪念馆；四、把陈伯达捧为北京军区“太上皇”；五、“支左”中“支一派压一派”的错误。郑维山审查结论，一、表态支持设国家主席是错误的。1969年，在林彪和军委办事组授意下，修建五台山林彪纪念馆，负有领导责任。还有几条如支左和抓杨勇与老帅对质，不好写入结论，算结论之外。

第一稿写好后，征求了郑维山的意见，他不同意。说这是根据我的检讨写的，在当时那种情况下，我不得不那么说。现在应该对华北会议批判我的几个问题做出实事求是的结论。

7月13日，郑维山写报告给胡耀邦，要求为“华北山头主义”平反。

因为，“华北山头主义”不平反，他的平反也不可能。

胡耀邦批示：郑（维山）的这次报告是要求为平反所谓“华北山头主义”的问题。“文化大革命”中林彪、江青一伙不断反“华北山头”，矛头指向聂总，并株连了不少的人。当然是一个莫须有的罪名。聂总不便多说。由于是非未清，又还有些同志受株连。我建议采取适当办法，对此案予以澄清。